Karlstrup Kirke skulle slet ikke have ligget, hvor den gør. I hvert fald ikke ifølge det nok mest kendte sagn om kirken. Det handler om, at man under den nuværende kirke har fundet rester af en ældre kirke, som folk i Karlstrup egentlig ville have opført midt i den lille landsby.

Sagnet findes i forskellige versioner, og de handler alle om, at de første sten, der var blevet lagt, hver nat blev flyttet til det sted, hvor Karlstrup Kirke står, omtrent en halv kilometer derfra. Og hver dag flyttede folk dem tilbage, indtil de opgav og lod kirken opføre, hvor nisserne, som stod bag det natlige nummer, ønskede det.

Der findes også en version, hvor kirkebyggeriet blev revet ned af trolde hver nat, hvorpå man sendte sammenbundne stude, kastrerede tyre, afsted, og der, hvor de lagde sig, fik man lov til at opføre kirken. I en variant er det en vædder, der blev sendt afsted med jernskrammel på ryggen, og kirken kunne så opføres på det sted, hvor vædderen lagde sig.

Sørøver huserede i Øresund

Ovenstående sagn knytter sig også til andre kirker. Men et helt andet sagn har til gengæld kun relation til Karlstrup Kirke. Det findes ligeledes i forskellige versioner og handler om sørøveren Kalf Skurfa, der skulle have plyndret skibe i Øresund. Han skulle have levet i det 9. århundrede og boet på det sted, hvor kirken efterfølgende blev bygget.

Han skulle desuden have lagt navn til i hvert fald Karlslunde. En historie, der nok er opstået, fordi byen har haft navne, der minder om hans. I 1300-tallet hed byen eksempelvis Kalfslunde. I ét sagn er han blevet begravet i kirkebanken, og i et andet udvandrede han til Orkneyøerne nord for Skotland sammen med en anden sagnfigur Thorer Tveskæg.

Til motten ved siden af kirken knytter der sig et særligt sagn. Det er fra dengang, hvor man troede, der var tale om en gravhøj, og den blev kaldt for Kirkehøj. I sagnet begyndte et par karle at grave i den og stødte på en stor jernkiste. Da de ville løfte den ud af højen, så de et brandskær over landsbyen, hvorpå de ilede derhen. Men der var slet ikke nogen brand, og da de vendte tilbage til højen, var kisten væk.